Гаранционният фонд се управлява от следните органи:
- Съвет на Гаранционния фонд
 - Управителен съвет
 - Двама изпълнителни директори
 
Състав на съвета на Гаранционния фонд
В Съвета на Гаранционния фонд членуват всички застрахователи, които са задължени да правят вноски към него. Това са застрахователите, които предлагат задължителните застраховки Гражданска отговорност" на автомобилистите, "Злополука" на пътниците в общественият транспорт, гранични застраховки. Животозастрахователните дружества също членуват в Съвета на ГФ, като те правят вноски само към Обезпечителния фонд.
Състав на Управителния съвет на Гаранционния фонд
Управителният съвет на Гаранционния фонд се състои от 7 членове:
- г-н Максим Колев, Председател
 - г-н Стефан Стоилков
 - г-н Пламен Шинов
 - г-н Юри Копач
 - г-н Петър Аврамов
 - г-н Константин Велев
 - г-н Пламен Ялъмов
 
Изпълнителни директори
Гаранционният фонд има двама изпълнителните директори, които заедно го представляват и осъществяват текущото му ръководство.
Изпълнителни директори на Гаранционния фонд са:
- г-н Максим Колев
 - г-н Стефан Стоилков
 
Г-н Стефан Стоилков е избран за изпълнителен директор, който самостоятелно осъществява правомощията на Гаранционния фонд и го представлява като синдик при несъстоятелност на застраховател или презастраховател.
